Прошла тысяча лет с тех пор, как Землю уничтожили Гауна – раса агрессивных пришельцев. Теперь выжившие люди странствуют по космосу на борту нескольких кораблей-городов. На нижнем уровне такого звездолёта – «Сидонии» – растёт мальчик Нагатэ Таникадзэ. Неожиданно военные замечают в нём талант к управлению боевыми машинами. И Нагатэ приходится сесть за штурвал одного из роботов, которых называют Стражами, и отправиться на войну с Гауна.
Юные пилоты "Сидонии" столкнулись с беспрецедентным событием: Гауна способна принимать облик Стражей. На что еще способны эти создания, почему Гауна нападают на "Сидонию", и действительно ли они неразумны и враждебны к человечеству, как принято считать?
Почему Кабидзаси - единственных орудий способных пробить оболочку Гауна - всего двадцать восемь штук? И капитан корабля так внезапно приняла решение доверить управление легендарным Стражем "Цугумори" именно Нагатэ? Перед нами наконец-то приоткроется завеса над некоторыми тайнами прошлого "Сидонии".